Históricamente la dirigencia política nacional siempre ha buscado la mediación del Vaticano en los momentos más neurálgicos del país, especialmente los que atañen a los efectos generados por el conflicto armado colombiano.
Durante el período del pontificado de Francisco, Colombia ha tenido tres jefes de Estado: Juan Manuel Santos, Iván Duque Márquez y Gustavo Petro Urrego.
Por circunstancias diferentes los tres mandatarios se reunieron con el máximo jerarca de la Iglesia Católica, algunas veces por protocolo diplomático y en otras para buscar la intercesión de la Santa Sede en asuntos delicados del país, generalmente relacionados con la violencia.
Entre Santos y Uribe
El 16 de diciembre de 2016, en un encuentro celebrado en el Vaticano, Francisco intentó reconciliar las diferencias entre el entonces presidente de Colombia, Juan Manuel Santos, y su predecesor y mentor, Álvaro Uribe Vélez.
Los dos políticos se distanciaron debido al acuerdo de paz firmado ese año con las Farc durante el segundo período de Santos. En ese momento, Uribe Vélez, ejercía como senador de la República.
Pese a la intención papal, el encuentro no resolvió las diferencias entre Santos y Uribe, pero si reafirmó el ejercicio como diplomático espiritual del pontífice en el diálogo, reencuentro y reconciliación entre los pueblos.
Como jefe de Estado, Juan Manuel Santos recibió, en Bogotá, al papa Francisco con motivo de la visita que el jerarca hizo a Colombia entre el 6 y el 10 de septiembre de 2017.
Con Iván Duque Márquez
El 22 de octubre de 2018, la Oficina de Prensa de la Santa Sede informó que, el papa Francisco recibió en audiencia, en el Palacio Apostólico Vaticano, al presidente de Colombia, Iván Duque Márquez.
Durante las conversaciones, que se desarrollaron en un clima de cordialidad, se expresó satisfacción por las buenas relaciones bilaterales entre ambos Estados y se destacó la contribución de la Santa Sede y de la iglesia local en el proceso de paz colombiano.
Así mismo, se subrayó en la importancia de un diálogo constante para enfrentar los desafíos históricos de la sociedad colombiana, asociados a la protección de la vida, lucha contra la corrupción, narcotráfico, explotación de los recursos naturales y la violencia excesiva.
Petro y el papa Francisco

Como presidente de Colombia, Gustavo Petro Urrego visitó al sumo pontífice en la Santa Sede, el 19 de enero de 2024. En la reunión dialogaron sobre varios temas, entre ellos el proceso de paz en Colombia y otros episodios de la vida nacional como el impacto de las lluvias y tragedias generadas por inclemencias de la naturaleza.