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Una primera etapa importante en esta historia está constituida por la ocupación del valle antes de la llegada de los europeos a América. Está bien documentada la existencia de numerosos asentamientos humanos en esta parte central de Antioquia. Si los hábitos alimenticios de los indígenas que sobrevivieron a la colonización no se han modificado demasiado, podemos asumir que en el pasado gustaban de cazar y consumir toda clase de animales hasta tamaños tan pequeños como las larvas de los gorgojos de la madera y que por tanto las especies de mayor tamaño debieron ser cazadas hasta producir una disminución crítica de sus poblaciones. Este debió ser el caso del Tinamú Montañero, del cual todavía se encuentra una población en la parte alta del valle, pero su pariente el Tinamú Leonado parece no haber soportado la presión y se extinguió localmente. La Pava Negra probablemente existió en el valle y también desapareció como resultado de la presión cinegética.
La posterior colonización del valle produjo el establecimiento de fincas en las laderas y un uso muy intenso de los terrenos en las cercanías de los poblados. Sumada a la caza, la desaparición de los bosques llevó a la extinción algunas especies que habían logrado sobrevivir hasta ese momento. Fue así como se desvanecieron localmente el Caracolero Piquiganchudo, el Halcón-montés Pajarero, la Paloma Colorada, el Perico Frentirrojo, la Cotorra Oscura, el Tucancito Colirrojo, la Oropéndola Variable y el Turpial Montañero. Otras especies lograron sobrevivir en las partes más altas en poblaciones muy bajas y localizadas, como el Azor Cordillerano, la Perdiz Colorada, la Paloma Collareja, el Terlaque Pechizaul, el Carpintero Gigante, la Urraca Collareja y el Cacique Candela.
Menos notable debido a su pequeño tamaño fue la desaparición de numerosas especies de pájaros insectívoros del sotobosque perteneciente a los grupos de los trepatroncos, de los horneros y chamicero, de los hormigueros y tororois y de los atrapamoscas. También se fueron con el bosque muchas especies de colibríes, como el Ermitaño Verde, el Colibrí de Buffon, el Colibrí Piquicuña y el Rumbito Diminuto, y tangarás como la Tangará Verdiplata, la Tangará Coronada, la Tangará Nuquidorada, la Tangará Pecosa y el Musguerito Gorgiamarillo.
La última etapa está caracterizada por un vertiginoso crecimiento urbano y sus secuelas, entre otras, un denso tráfico vehicular, ruido y contaminación, que reducen los espacios naturales o verdes y aislan en todo sentido a las poblaciones remanentes de aves disminuyendo sus posibilidades de supervivencia.
La alteración ambiental no solo significa desaparición de especies, sino también la irrupción local por parte de algunas oportunistas que saben sacar partido de los espacios abiertos por el hombre, como el Chamón Común, el Cucarachero Común, el Bichofué y la Torcaza Nagüiblanca, y la introducción directa de otras por parte de este, como la Paloma Doméstica y el Perico Carisucio.
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